ToimitusjohtajaYhtiön toimitusjohtajan nimittää hallitus. Toimitusjohtajan tehtävänä on hoitaa konsernin juoksevaa hallintoa osakeyhtiölain ja hallituksen antamien ohjeiden ja määräysten mukaisesti. Toimitusjohtaja ei saa ryhtyä yhtiön toiminnan laatu ja laajuus huomioon ottaen epätavallisiin tai laajakantoisiin toimiin muutoin kuin hallituksen suostumuksella. Toimitusjohtajaa avustaa toimessaan konsernin johtoryhmä.
Stonesoft Oyj:n toimitusjohtajana on toiminut 3.8. 2004 lähtien yrityksen perustaja Ilkka Hiidenheimo.
Stonesoftin toimitusjohtaja Ilkka Hiidenheimo ei ota vastaan minkäänlaista kompensaatiota tehtävistään ennen kuin yhtiö on jälleen voitollinen. Toimitusjohtajalle ei ole määritelty erityistä eläkeikää. Toimitusjohtajan eläke on sama työeläke (TEL) kuin kaikilla Stonesoftin työntekijöillä. Toimitusjohtajan sopimuksessa on määritelty kuuden kuukauden irtisanomisaika. Irtisanomiskompensaatioksi on määritelty 6 kuukauden palkkaa vastaava korvaus. Sopimuksessa on lisäksi 6 kuukauden palkkaa vastaava lisäkorvaus, mikäli yhtiön irtisanoo sopimuksen ilman toimitusjohtajan sopimusrikkomusta. Niin kauan kuin toimitusjohtaja ei vastaanota minkäänlaista kompensaatiota tehtävistään, on sekä eläkeikään että irtisanomisaikaan liittyvä kompensaatio ainoastaan teoreettisesti voimassa.
Katso: Hallituksen ja johtoryhmän omistukset